検証というほど大それたものではありませんが。
教えて頂いたCJKパッチを当てたnetatalkをインストール済みのDebianにLeopardからAFP経由でrsyncを使ってiTunesフォルダをバックアップしてみました。

SSH経由でバックアップしたときはファイル名によってMac側から開けないファイルがあったのですが、そのような現象はありませんでした。

これで安心してiTunesのバックアップがとれます。
CJKパッチやCoreFoundationによるdecompose/precomposeの変換についてもご丁寧に教えでくださったHATさんには自サイト上で申し訳ありませんが、お礼申し上げます。